W latach 1605-1611 de Houtman sprawował funkcję gubernatora Ambonu, indonezyjskiej wyspy w środku archipelagu Moluków na Morzu Banda[3].
Fryderyk de Houtman powrócił do Holandii wewnątrz 1612. Zamieszkał wewnątrz Alkmaar, gdzie sprawował funkcję rajcy w środku latach 1614-1618.