W siedem miesięcy po powrocie do Amsterdamu bracia de Houtman wyruszyli na drugą wyprawę do Indii Wschodnich, zorganizowaną na wskroś kupca De Moucherona. Przez Madagaskar również Indochiny dotarli na Sumatrę, gdzie niebawem wybuchły walki pośrodku Holendrami i wojskiem sułtana Acehu. Fryderyk de Houtman dostał się do niewoli, natomiast jego towarzysz Cornelis de Houtman zginął. Negocjacje wewnątrz sprawie uwolnienia Fryderyka nie powiodły się plus armada holenderska zawróciła do Europy.
W ciągu dwóch lat spędzonych wewnątrz więzieniu Fryderyk de Houtman nauczył się języka malajskiego plus poczynił wiele obserwacji astronomicznych, dodając do katalogu Keysersa 197 gwiazd[1]. Z niewoli został wypuszczony w środku sierpniu 1601, zaś do Amsterdamu powrócił do wnętrza lipcu 1602.